FÜZYON PROTEİNİ OLUŞTURMA ÖDEVİ

Moleküler Biyoloji Uygulamaları – II

Laboratuvar çalışması – Füzyon Proteini Oluşturma

Dizi kodu: NM_002303

Bu deneyin amacı protein kodlayan bir DNA dizisini raportör bir gen içeren vektöre yerleştirmektir. DNA dizisi (insert) raportör genin önüne “in-frame” bir şekilde yerleştirilmelidir. Bu şekilde oluşan diziden elde edilecek mRNA üzerinde hem insert hem de raportör protein kodu bulunmalıdır.

Size verilen NCBI gen bankası erişim numarasındaki mRNA/DNA dizisinin protein kodlayan ilk 105 bazını seçeceğiniz bir vektörde raportör genin önüne klonlamanız gerekiyor.

Düz uçlu ve yapışkan uçlu klonlama için 2 ayrı deney yapacaksınız. İsterseniz iki ayrı vektör kullanabilirsiniz. Vektörlerin ökaryotik vektör olması şart.

Böyle bir deneyi ayrıntılı olarak tasarlamanız gerekmektedir. Deneyin ökaryotik hücre transfeksiyonuna kadar olan tüm aşamalarını yazınız (transfeksiyon hariç).

Tasarlayacağınız deneylerdeki tüm basamakları anlatmanız gerekiyor.

Tasarlayacağınız primerlerin / adaptörlerin mutlaka 5’®3’ dizilerini belirtmeniz gerekiyor.

Kullanacağınız vektörleri siz bulacaksınız, ökaryotik ve füzyon proteini oluşturabileceğiniz bir raportör gen içermeli.

Staratagene, Promega, Roche, Fermentas, Qiagen vs firmaların web sitelerinden vektör dizilerini bulabilirsiniz.

Restriksiyon enzimlerinin kesim noktalarını görmek için REBASE, New England Biolabs (NEB), Fermentas vs web sitelerinden yararlanabilirsiniz.

Bu çalışmada pBluescript, pWhitescript, pGL3-control ve pACT vektörleri kullanamazsınız !!! başka vektörler bulmanız gerekiyor.