LANET PROBLAR :)

BİY 403

Biyoinformatik Ödevi

İsim	Exon	Mutasyon
	5	Tyr154Asn

Çalışma IV presenilin 1 geni

Yapılacaklar:

Yukarıdaki tabloda herkes için Presenilin 1 (PSEN1) geni üzerinde bir mutasyon verilmiş. Bu mutasyonu erime eğrisi analizi ile belirleyebilecek bir PCR primer çifti, hibridizasyon probu ve TaqMan probu tasarlayın (PCR ürünü 200-300 baz boyunda olmalı).

1- Presenilin 1 dizisini ve mutasyonun yerinin belirlenmesi (NCBI-map viewer)

2- Mutasyonu algılayan hibridizasyon probu ve ona uygun çapa probun tasarlanması

3- Problara uygun PCR primerlerinin tasarlanması

4- PCR primerlerine uygun TaqMan probunun tasarlanması

CAGTGTCTGCTTCACATGTTAAGTCCTTCTTTCCATATGTTAGACATTTTCTTTGAAGCAATTTTAGAGTGTAGCTGTTTTTCTCAGGTTAAAAATTCTTAGCTAGATTGGTGAGTTGGGGAAAAGTGACTTATAAGATACGAATTGAATTAAGAAAAAGAAAATTCTGTGTTGGAGGTGGTAATGTGGTTGGTGATCTCCATTAACACTGACCTAGGGCTTTTGTGTTTGTTTTATTGTAGAATCTATACCCCATTCACAGAAGATACCGAGACTGTGGGCCAGAGAGCCCTGCACTCAATTCTGAATGCTGCCATCATGATCAGTGTCATTGTTGTCATGACTATCCTCCTGGTGGTTCTGTATAAATACAGGTGCTATAAGGTGAGCATGAGACACAGATCTTTGCTTTCCACCCTGTTCTTCTTATGGTTGGGTATTCTTGTCACAGTAACTTAACTGATCTAGGAAAGAAAAAATGTTTTGTCTTCTAGAGATAAGTTAATTTTTAGTTTTCTTCCTCCTCACTGTGGAACATTCAAAAAATACAAAAAGGAAGCCAGGTGCATGTGTAATGCCAGGCTCAGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTTGGGCCCAGGAGTTCACAAGCAGCTTGGGCAACGTAGCAAGACCCTGCCTCTATTAAAGAAAACAAAAAACAAATATTGGAAGTATTTTATATGCATGGAATCTATATGTCATGAAAAAATTAGTGTAAAAT

HİBRİDİZASYON PROBLARI:

wild type: ...GTTCTGTATAAATACAGG...

mutasyonlu: ...GTTCTGAATAAATACAGG...

Algılama probu: AGACTTATTTATGTCC (sarı)

Tm : 50,1 ºC, self dimer oluşumu yok.

Çapa probu: TGTCATGACTATCCTCC (yeşil)

Tm : 57,6 ºC, self dimer oluşumu yok.

• Çapa probu ve algılama probu arasında heterodimer oluşumu yok.
• Çapa probu ve farward primer arasında hiç heterodimer oluşumu gözlemlenmemektedir.
• Çapa probu ve reverse primer arasında hiç heterodimer oluşumu, kendiliğinden oluşma ihtimali çok düşük olan bir şekilde gözlemlenmektedir. Onun dışında gözlemlenemez.
• Algılama probu ve farward primer arasında kuvvetli bağlarla gerçekleşen heterodimer oluşumu gözlemlenmemektedir.
• Algılama probu ve reverse primer arasında heterodimer oluşumu gözlemlenmemektedir.
  FARWARD PRİMER: GTGACTTATAAGATACGAATTGA (mavi)
  Tm: 59,7 ºC, self dimer oluşumu yok.
  REVERSE PRİMER: düz dizi:CAACGTAGCAAGACCC (mor)
  komplementeri:GTTGCATCGTTCTGGG
  komplementerinin tersi:GGGTCTTGCTACGTTG
  Tm: 59,8 ºC, self dimer oluşumu yok.
  Heterodimer oluşumu gözlemlenmemektedir.
  TAQMAN PROBU: TTAAGACACAACCTCCA (pembe)
  Tm: 59,8 ºC, self dimer oluşumu yok.
• Taqman probu ve farward primer arasında kuvvetli bağlarla heterodimer oluşumu gözlemlenmemektedir.
• Taqman probu ve reverse primer arasında heterodimer oluşumu hiç gözlemlenmemektedir.

Kanser genetiğindeki sinyal yolakları

 Ben daha ne diyeyim, kime ne anlatayım

                                 

BİYOİNFORMATİK

BİY403 Biyoinformatik

FİNAL SINAVI

Teslim tarihi: 25 Ocak 2013

1. Size verilen ham dizi analizi kromatogramını kullanılabilir hale getirin. (10p)

2. Temizlenmiş diziyi NCBI gen bankasında taratarak sizin türünüze en yakın 4 türün dizisini bulun (erişim numarası verin). (10p)

3. Yukarıdaki soruda bulduğunuz 4 diziyi sizin dizinizle eşleştirerek sizin dizinizle eşleşen bölgelerini tekst dosyası olarak fasta formatında yazın. (10p)

4. Sizin dizinizle birlikte 5 dizinin eşleşmesini gösterin. (10p)

5. MEGA 5 platformunda dizilerinizin (5 dizinin) "Maximum Parsimony" analizini yapın çıkan filogenetik ağacı gösterin (bootstrap tekrarı 1000, dalların "cut off" değeri 80 olmalı). (20p)

6. Sizin dizinize göre (kullanılabilir hale getirildikten sonra) 200. ve 450. bazlar arasını çoğaltabilecek, diğer 4 diziye de uygun bir primer çifti tasarlayın. (20p)

7. 6. soruda tasarladığınız primer çifti ile PCR yaparsanız, her bir dizi için sadece o diziyi kesen diğer dizleri kesmeyen bir restriksiyon enzimi bulunuz. Eğer herhangi bir diziye özgü bir restriksiyon enzimi yoksa, kesim ürünleri ayırt edici bir restriksiyon enzimi bulunuz (restriksiyon enziminin bir diziyi bir kere, diğerini 2 kere kesmesi gibi) (20p)