LANET PROBLAR :)

BİY 403

Biyoinformatik Ödevi

İsim	Exon	Mutasyon
	5	Tyr154Asn

Çalışma IV presenilin 1 geni

Yapılacaklar:

Yukarıdaki tabloda herkes için Presenilin 1 (PSEN1) geni üzerinde bir mutasyon verilmiş. Bu mutasyonu erime eğrisi analizi ile belirleyebilecek bir PCR primer çifti, hibridizasyon probu ve TaqMan probu tasarlayın (PCR ürünü 200-300 baz boyunda olmalı).

1- Presenilin 1 dizisini ve mutasyonun yerinin belirlenmesi (NCBI-map viewer)

2- Mutasyonu algılayan hibridizasyon probu ve ona uygun çapa probun tasarlanması

3- Problara uygun PCR primerlerinin tasarlanması

4- PCR primerlerine uygun TaqMan probunun tasarlanması

CAGTGTCTGCTTCACATGTTAAGTCCTTCTTTCCATATGTTAGACATTTTCTTTGAAGCAATTTTAGAGTGTAGCTGTTTTTCTCAGGTTAAAAATTCTTAGCTAGATTGGTGAGTTGGGGAAAAGTGACTTATAAGATACGAATTGAATTAAGAAAAAGAAAATTCTGTGTTGGAGGTGGTAATGTGGTTGGTGATCTCCATTAACACTGACCTAGGGCTTTTGTGTTTGTTTTATTGTAGAATCTATACCCCATTCACAGAAGATACCGAGACTGTGGGCCAGAGAGCCCTGCACTCAATTCTGAATGCTGCCATCATGATCAGTGTCATTGTTGTCATGACTATCCTCCTGGTGGTTCTGTATAAATACAGGTGCTATAAGGTGAGCATGAGACACAGATCTTTGCTTTCCACCCTGTTCTTCTTATGGTTGGGTATTCTTGTCACAGTAACTTAACTGATCTAGGAAAGAAAAAATGTTTTGTCTTCTAGAGATAAGTTAATTTTTAGTTTTCTTCCTCCTCACTGTGGAACATTCAAAAAATACAAAAAGGAAGCCAGGTGCATGTGTAATGCCAGGCTCAGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTTGGGCCCAGGAGTTCACAAGCAGCTTGGGCAACGTAGCAAGACCCTGCCTCTATTAAAGAAAACAAAAAACAAATATTGGAAGTATTTTATATGCATGGAATCTATATGTCATGAAAAAATTAGTGTAAAAT

HİBRİDİZASYON PROBLARI:

wild type: ...GTTCTGTATAAATACAGG...

mutasyonlu: ...GTTCTGAATAAATACAGG...

Algılama probu: AGACTTATTTATGTCC (sarı)

Tm : 50,1 ºC, self dimer oluşumu yok.

Çapa probu: TGTCATGACTATCCTCC (yeşil)

Tm : 57,6 ºC, self dimer oluşumu yok.

• Çapa probu ve algılama probu arasında heterodimer oluşumu yok.
• Çapa probu ve farward primer arasında hiç heterodimer oluşumu gözlemlenmemektedir.
• Çapa probu ve reverse primer arasında hiç heterodimer oluşumu, kendiliğinden oluşma ihtimali çok düşük olan bir şekilde gözlemlenmektedir. Onun dışında gözlemlenemez.
• Algılama probu ve farward primer arasında kuvvetli bağlarla gerçekleşen heterodimer oluşumu gözlemlenmemektedir.
• Algılama probu ve reverse primer arasında heterodimer oluşumu gözlemlenmemektedir.
  FARWARD PRİMER: GTGACTTATAAGATACGAATTGA (mavi)
  Tm: 59,7 ºC, self dimer oluşumu yok.
  REVERSE PRİMER: düz dizi:CAACGTAGCAAGACCC (mor)
  komplementeri:GTTGCATCGTTCTGGG
  komplementerinin tersi:GGGTCTTGCTACGTTG
  Tm: 59,8 ºC, self dimer oluşumu yok.
  Heterodimer oluşumu gözlemlenmemektedir.
  TAQMAN PROBU: TTAAGACACAACCTCCA (pembe)
  Tm: 59,8 ºC, self dimer oluşumu yok.
• Taqman probu ve farward primer arasında kuvvetli bağlarla heterodimer oluşumu gözlemlenmemektedir.
• Taqman probu ve reverse primer arasında heterodimer oluşumu hiç gözlemlenmemektedir.