BİY403 Biyoinformatik
FİNAL SINAVI
Teslim
tarihi: 25 Ocak 2013
- Size verilen ham dizi analizi kromatogramını kullanılabilir hale getirin. (10p)
TGCCTTAAGCCTGCTCATTCGAGCTGAACTGAGCCAGCCTGGTGCTCTCCTGGGAGACGACCAGATTTATAATGTAATTGTTACAGCACATGCATTTGTAATAATTTTCTTTATAGTAATACCAATCATGATCGGAGGCTTTGGAAACTGATTAATTCCACTTATAATTGGTGCCCCCGACATAGCATTCCCCCGAATAAATAACATGAGCTTCTGACTTCTCCCCCCGTCATTCCTTCTTCTACTAGCCTCTTCCGGAGTTGAAGCTGGGGCCGGCACTGGGTGAACAGTTTATCCACCCCTGGCAGGAAACCTTGCCCACGCAGGTGCATCAGTTGACCTAACCATCTTTTCTCTTCACCTGGCTGGAATTTCATCTATTCTTGGTGCCATTAATTTTATTACCACAATTATTAACATGAAACCCCCAGCTATCTCGCAATATCAGACACCCCTGTTTGTATGAGCTGTCTTAATTACCGCTGTTCTACTTCTTCTGTCTCTCCCAGTTCTTGCTGCCGGGATCACAATGCTCCTTACAGATCGAAACCTAAACACCACTTTCTTTGACCCGGCGGGGGGAGGAGACCCAATTCTTTATCAACATCTATTTTGATTCTTTGGCCACC
- Temizlenmiş diziyi NCBI gen bankasında taratarak sizin türünüze en yakın 4 türün dizisini bulun (erişim numarası verin). (10p)
- Yukarıdaki soruda bulduğunuz 4 diziyi sizin dizinizle eşleştirerek sizin dizinizle eşleşen bölgelerini tekst dosyası olarak fasta formatında yazın. (10p)
>#25_4_09-A7-COI_FishF1
TGCCTTAAGCCTGCTCATTCGAGCTGAACTGAGCCAGCCTGGTGCTCTCCTGGGAGACGACCAGATTTATAATGTAATTGTTACAGCACATGCATTTGTAATAATTTTCTTTATAGTAATACCAATCATGATCGGAGGCTTTGGAAACTGATTAATTCCACTTATAATTGGTGCCCCCGACATAGCATTCCCCCGAATAAATAACATGAGCTTCTGACTTCTCCCCCCGTCATTCCTTCTTCTACTAGCCTCTTCCGGAGTTGAAGCTGGGGCCGGCACTGGGTGAACAGTTTATCCACCCCTGGCAGGAAACCTTGCCCACGCAGGTGCATCAGTTGACCTAACCATCTTTTCTCTTCACCTGGCTGGAATTTCATCTATTCTTGGTGCCATTAATTTTATTACCACAATTATTAACATGAAACCCCCAGCTATCTCGCAATATCAGACACCCCTGTTTGTATGAGCTGTCTTAATTACCGCTGTTCTACTTCTTCTGTCTCTCCCAGTTCTTGCTGCCGGGATCACAATGCTCCTTACAGATCGAAACCTAAACACCACTTTCTTTGACCCGGCGGGGGGAGGAGACCCAATTCTTTATCAACATCTA
>#Diplodus
cervinus voucher
TGCCTTAAGCCTGCTCATTCGAGCCGAACTAAGCCAGCCTGGTGCTCTCCTGGGAGACGACCAGATTTATAATGTAATTGTTACAGCACATGCGTTTGTAATAATTTTCTTTATAGTTATACCAATCATGATCGGGGGCTTCGGAAACTGATTAATTCCACTTATAATTGGTGCCCCTGACATAGCATTCCCTCGAATAAATAATATAAGCTTTTGACTTCTGCCCCCATCATTCCTCCTCTTGCTAGCCTCGTCCGGAGTCGAAGCTGGGGCCGGCACTGGGTGAACAGTCTATCCGCCCCTGGCAGGAAACCTGGCTCACGCAGGTGCATCAGTTGACTTAACTATCTTTTCTCTCCACCTGGCCGGAATTTCATCTATTCTTGGTGCCATTAATTTCATCACCACAATTATTAATATGAAACCCCCAGCTATCTCGCAATATCAGACGCCATTATTTGTATGAGCCGTCTTAATTACCGCCGTACTTCTTCTTCTATCTCTCCCAGTTCTTGCTGCTGGAATTACGATACTCCTCACAGATCGAAACCTAAACACCACTTTCTTTGACCCTGCAGGAGGAGGAGACCCAATTCTTTATCAACACCTA
>#Diplodus
holbrookii voucher
TGCCTTAAGCCTGCTCATTCGAGCCGAACTAAGCCAGCCTGGCGCTCTCCTTGGAGACGACCAGATTTATAATGTAATTGTTACAGCACATGCGTTTGTAATAATTTTCTTTATAGTAATACCAATCATGATTGGAGGCTTCGGAAACTGACTAATCCCACTTATGATCGGTGCCCCTGACATAGCATTCCCCCGAATAAATAACATGAGCTTCTGACTTCTACCCCCCTCATTCCTCCTCCTGCTAGCCTCGTCCGGAGTTGAAGCTGGGGCCGGTACTGGATGAACTGTTTACCCGCCCCTGGCAGGTAACCTCGCTCACGCAGGTGCATCAGTTGACTTAACTATCTTTTCTCTTCACCTGGCCGGAATTTCATCTATTCTTGGTGCCATTAATTTCATTACCACAATTATTAATATGAAACCTCCAGCTATTTCACAATATCAGACGCCATTATTTGTATGGGCCGTCTTAATTACCGCCGTACTTCTTCTTCTATCTCTCCCAGTTCTTGCTGCCGGAATTACAATGCTCCTAACAGATCGAAACCTAAACACCACTTTCTTCGACCCTGCAGGGGGAGGAGACCCGATTCTTTATCAACATCTA
>#Diplodus
puntazzo isolate
TGCCTTAAGCCTGCTCATTCGAGCTGCACTAAGCCAGCCTGGTGCTCTCCTTCGACACGACCAGATTTATAATGTAATTGTTACAGCACATGCACTTGTAATAATTTTCTTTATAGTAATACCAATCATGATTGGAGGCTTTGGAAACTGATTAATTCCACTTATAATTGGTGCCCCTGACATAGCATTCCCCCGAATAAATAACATGAGCTTCTGACTTCTCCCCCCATCATTCCTCCTCCTGCTAGCTTCGTCCGGAGTTGAAGCTGGGGCCGGTACTGGGTGAACAGTTTATCCGCCCCTGGCAGGAAACCTTGCTCACGCAGGTGCATCAGTTGACTTAACCATCTTTTCTCTCCACCTGGCCGGAATTTCATCTATTCTTGGTGCCATTAATTTCATCACCACAATTATTAACATGAAACCCCCAGCTATCTCGCAATATCAGACACCATTATTTGTATGAGCTGTCTTAATTACCGCCGTACTACTTCTTCTATCTCTCCCAGTTCTTGCTGCCGGAATTACAATGCTCCTTACAGATCGAAACCTAAACACCACTTTCTTTGACCCTGCAGGGGGAGGAGACCCAATTCTTTATCAACATCTA
>#Diplodus sargus
voucher
TGCCTTAAGCCTGCTCATTCGAGCTGAACTGAGCCAGCCTGGTGCTCTCCTGGGAGACGACCAGATTTATAATGTAATTGTTACAGCACATGCATTTGTAATAATTTTCTTTATAGTAATACCAATCATGATCGGAGGCTTTGGAAACTGATTAATTCCACTTATAATTGGTGCCCCCGACATAGCATTCCCCCGAATAAATAACATGAGCTTCTGACTTCTCCCCCCGTCATTCCTTCTTCTACTAGCCTCTTCCGGAGTTGAAGCTGGGGCCGGCACTGGGTGAACAGTTTATCCACCCCTGGCAGGAAACCTTGCCCACGCAGGTGCATCAGTTGACCTAACCATCTTTTCTCTTCACCTGGCTGGAATTTCATCTATTCTTGGTGCCATTAATTTTATTACCACAATTATTAACATGAAACCCCCAGCTATCTCGCAATATCAGACACCCCTGTTTGTATGAGCTGTCTTAATTACCGCTGTTCTACTTCTTCTGTCTCTCCCAGTTCTTGCTGCCGGGATCACAATGCTCCTTACAGATCGAAACCTAAACACCACTTTCTTTGACCCGGCGGGGGGAGGAGACCCAATTCTTTATCAACATCTA
- MEGA 5 platformunda dizilerinizin (5 dizinin) "Maximum Parsimony" analizini yapın çıkan filogenetik ağacı gösterin (bootstrap tekrarı 1000, dalların "cut off" değeri 80 olmalı). (20p)
Şekil 1 : 5 türün maksimum parsinomy analizi
- Sizin dizinize göre (kullanılabilir hale getirildikten sonra) 200. ve 450. bazlar arasını çoğaltabilecek, diğer 4 diziye de uygun bir primer çifti tasarlayın. (20p)
TGCCTTAAGCCTGCTCATTCGAGCTGAACTGAGCCAGCCTGGTGCTCTCCTGGGAGACGACCAGATTTATAATGTAATTGTTACAGCACATGCATTTGTAATAATTTTCTTTATAGTAATACCAATCATGATCGGAGGCTTTGGAAACTGATTAATTCCACTTATAATTGGTGCCCCCGACATAGCATTCCCCCGAATAAATAACATGAGCTTCTGACTTCTCCCCCCGTCATTCCTTCTTCTACTAGCCTCTTCCGGAGTTGAAGCTGGGGCCGGCACTGGGTGAACAGTTTATCCACCCCTGGCAGGAAACCTTGCCCACGCAGGTGCATCAGTTGACCTAACCATCTTTTCTCTTCACCTGGCTGGAATTTCATCTATTCTTGGTGCCATTAATTTTATTACCACAATTATTAACATGAAACCCCCAGCTATCTCGCAATATCAGACACCCCTGTTTGTATGAGCTGTCTTAATTACCGCTGTTCTACTTCTTCTGTCTCTCCCAGTTCTTGCTGCCGGGATCACAATGCTCCTTACAGATCGAAACCTAAACACCACTTTCTTTGACCCGGCGGGGGGAGGAGACCCAATTCTTTATCAACATCTATTTTGATTCTTTGGCCACC
(200. ve 450. bazlar
kırmızı ile işaretlenmiştir. Mavi ile işaretlenen bazlar primer
tasarlanacak bölgedeki, diğer türlerle uyumsuz bazları
göstermektedir.)
Forward
Primer: CCACTTATAATTGGTGCCCC Tm: 60.1
ºC
Reverse
Primer: GGTAATTAAGTCAGCTCATACAAA
Tm: 57.6
ºC
- 6. soruda tasarladığınız primer çifti ile PCR yaparsanız, her bir dizi için sadece o diziyi kesen diğer dizleri kesmeyen bir restriksiyon enzimi bulunuz. Eğer herhangi bir diziye özgü bir restriksiyon enzimi yoksa, kesim ürünleri ayırt edici bir restriksiyon enzimi bulunuz (restriksiyon enziminin bir diziyi bir kere, diğerini 2 kere kesmesi gibi) (20p)
Restriksiyon
enzimi taramasına göre;
- Sadece Diplodus cervinus voucher türünün dizisini kesen enzimler: TaqI ve Plel enzimleri,
- Sadece Diplodus holbrookii voucher türünü kesen enzimler BstEII, Faul, Fokl ve Maelll enzimleridir. Bu enzimler spesifik olarak sadece bu türleri kestiği için bu türlerden her biri diğer dört türden ayırt edilebilir.
- Sadece Diplodus puntazzo isolate türünün dizisini kesen enzim bulunmamaktadır bu yüzden enzimlerin bu diziler üzerinde oluşturdukları fragmanlar karşılaştırılmıştır ve Alul enziminin diğer dört diziyi 3, Diplodus puntazzo türünü ise dört yerden kestiği belirlenmiştir. Bu enzim kullanılırsa bu dizi ve diğer dört örneğe ait dizi ayırt edilebilir.
- 25_4_09-A7-COI_FishF1 ve Diplodus sargus voucher türlerine ait diziler birebir aynıdır. Bu yüzden bu iki diziye ait restriksiyon enzimleri de birbirinin aynısıdır. Bu iki tür restriksiyon enzimi yöntemiyle birbirinden ayrılamaz fakat diğer üç türden ayrılmaları için LpnPl enzimi kullanılabilir. Bu enzim 25_4_09-A7-COI_FishF1 ve Diplodus sargus voucher türlerini beş defa keserken diğer üç türün hepsini sekiz defa keser. Fragmanlar incelenerek bu iki tür diğer 3 türden ayrılabilir.
Hiç yorum yok:
Yorum Gönder