BİYOİNFORMATİK

BİY403 Biyoinformatik

FİNAL SINAVI

Teslim tarihi: 25 Ocak 2013

1. Size verilen ham dizi analizi kromatogramını kullanılabilir hale getirin. (10p)

2. Temizlenmiş diziyi NCBI gen bankasında taratarak sizin türünüze en yakın 4 türün dizisini bulun (erişim numarası verin). (10p)

3. Yukarıdaki soruda bulduğunuz 4 diziyi sizin dizinizle eşleştirerek sizin dizinizle eşleşen bölgelerini tekst dosyası olarak fasta formatında yazın. (10p)

4. Sizin dizinizle birlikte 5 dizinin eşleşmesini gösterin. (10p)

5. MEGA 5 platformunda dizilerinizin (5 dizinin) "Maximum Parsimony" analizini yapın çıkan filogenetik ağacı gösterin (bootstrap tekrarı 1000, dalların "cut off" değeri 80 olmalı). (20p)

6. Sizin dizinize göre (kullanılabilir hale getirildikten sonra) 200. ve 450. bazlar arasını çoğaltabilecek, diğer 4 diziye de uygun bir primer çifti tasarlayın. (20p)

7. 6. soruda tasarladığınız primer çifti ile PCR yaparsanız, her bir dizi için sadece o diziyi kesen diğer dizleri kesmeyen bir restriksiyon enzimi bulunuz. Eğer herhangi bir diziye özgü bir restriksiyon enzimi yoksa, kesim ürünleri ayırt edici bir restriksiyon enzimi bulunuz (restriksiyon enziminin bir diziyi bir kere, diğerini 2 kere kesmesi gibi) (20p)