21 Ekim 2012 Pazar
11 Ağustos 2012 Cumartesi
Zorla yaptırılan beyin fırtınası!
- Kanserli hücre gruplarında tümör oluşumuna neden olan büyümeyi dokudaki hücrelerin %10 'u sağlamaktadır. Nanoteknolojik kapsüller kullanılarak içerilerine o hücrelerin apoptizisini sağlayacak bir protein konulup, spesifik olarak o hücreleri tanıyacak işaretleyicilerle işaretleme yapılıp kanser dokusunda çoğalmayı sağlayacak hücrelerin ölümü gerçekleştirilebilir. Böyle tümörün ilerlemesi durdurulabilir. Hatta kanserli dokunun tamamı da bu yöntem kullanılarak yok edilebilir.
- Kadınlarda BRCA1 ve BRCA 2 genleri tümör önleyici genlerdir. Kadınlarda özellikle meme kanserinde etkindir ve diğer kanser türlerine de genlerdeki değişimleri engelleyemediği için yatkınlık sağlar. Meme kanserli birçok hasta bu genler bakımından iki primerlidir yani bir ya da daha fazla aile bireyinden bu genleri mutasyonlu olarak almıştır. Bir kadın taşıyıcı özelliklerdeki BRCA1 ve BRCA2 genlerini anne ve /veya babasından almış ya da sonradan oluşmuşsa meme kanseri ve diğer kanserlere yakalanma riski yüksektir.Sadece ailesel olan mutasyonlar için olmak üzere BRCA genleri kaynaklı meme kanserlerini engellemek için yatkınlık geni taraması yaptırılıp, mutant olanların in-vitro döllenmeden sonra anneye embriyo enjekte edilmeden önce hücre kültürü aşamasında hedefe yönelik mutagenez çalışmaları ile mutagenez düzeltilebilinir. Normal döllenme sırasında anne karnındaki zigota in-vivo ortam olduğu için hedefe yönelik mutagenez uygulaması yapılamayacaktır. Ancak zigotun birkaç hücreden oluştuğu aşamada bu işlem yapılabilir.
- Diyabet hastalarında, pankreatik beta cell insulin deficient olanlarda diferansiyel insülin üretebilen kök hücre nakliyle bi tedavi olabilir.
- SiRNA kendine ait olmayan mRNA ları parçalayarak yok eder ve onların genoma yayılmasını engeller. Spesifik antiyeni olan matastatik prostat karsinom gibi kanser türlerinde ilgili işaretleyicilere spesifik siRNA ile hastalık ilerlemesi durdurulabilir. Çünkü kanserli hücrelerdeki genlerin protein ekspresyonu baskılanmış olacak ve protein ekprese edemeyen kanserli hücrelerde ilerleyişini durdurmak zorunda kalacaklardır.
- Vücudunda fazla miktarda östrojen salgısı olan erkek hastalara, bu durumu istememeleri durumlarda östrojen salgısının yarattığı kadınsı davranış etkilerini baskılamak için biyoteknolojik yöntemlerle üretilebilinecek olan testesteron hormonu verilebilir. Tam bir tedavi olamasa da hastanın yaşam kalitesi bu şekilde yükseltilebilirnir.
- Genetik regülasyon sistemleri genlerin ekspresyonlarının ihtiyaca göre düzenlenmesinde ve yaşamsal niteliği onların genlerin devamlı etkin olmasında rol oynayan sistemlerdir. Örneğin; bir molekülün hücre içerisinde gereğinden fazla olması durumunda represör moleküller ve küçük efektör moleküller kullanılarak genin aktivitesi baskılanabilir. Bu sistemler genellikle represör veya aktivatörlerin meydana getirdikleri komformasyonel değişiklerle ya da salgılanılan uyarıcı proteinlerle mümkün olur. Kanserli dokuda dokunun sürekli olarak büyüdüğünü anlayan sinyaller belirlemek mümkün olsa ya da o tümör dokusunun sürekli olarak çoğaldığının bilindiği durumlarda genetik regülasyon sistemlerine benzer bir regülasyon sistemi geliştirilebilir. Bu sistemler dokunun kendisine de geliştirilebilir. Böylece çok fazla bölünmenin olduğu dokulara spesifik olarak kontrol mekanizmaları olacağı için doku büyümesi gözlenemeyecektir.
7 Ağustos 2012 Salı
UÇURTMA AVCISI
Çok fazla kitap okumayan, okuyamayan birisiyim. Bunu söyleyen çoğu insan gibi bende bahane olarak ''zamanım yok'' demek isterdim ama bence asıl sebep, başladığım her kitabın beni kendine çekememesidir.
Benim için romanlar üç alt başlığa ayrılırlar; okumayı aklımın ucunda bile geçirmediklerim, okumak istediğim halde ilgimi çekemeyenler (başlasam bile bitiremediklerim) ve bir solukta okuduklarım. Bir kitabın önce ismine bakarım elbette, sonra hakkındaki yorumlar ve hatta belkide biraz içeriğini bilmek isterim başlamadan. Fazla garanticiyim sanırım...
Bir süredir hakkında güzel yorumlar aldığım ve hikayesiyle ilgimi çeken kitaplardan biriydi Uçurtma Avcısı. Ancak stajım bitip, ingilizce çalışmamak içinde bahane aramaya başladığım bir anda kuzenimden daha bitiremediği halde alıp okumaya başlayabildim bu romanı. Bir soluktada (uzun bir soluk!) bitirdim.
Afganistan'lı bir yazar olan Khaled HOSSEINI, bu ilk romanında Afganistan'daki iki çocuğun sıcak arkadaşlıklarıyla başlayıp yollarının ayrılması ve daha sonra gelişen olaylar zincirleri sayesinde kısmende olsa tekrar kesişmelerini anlatmış. Hikaye çok güzel, çok sıcak ve tabiki çok acıklı. Tamamen temiz duygularla, birazda çaresizlikle sadakat gösteren insanların ve bu sadakati kendi çıkarları için kullandığı halde pişmanlıklar duyan insanların anlatıldığı bu roman, herkese tavsiye edilebilecek, içinde Afganistan'a, arkadaşlığa, saflığa, bencilliğe, dine, vicdan ve merhamete dair çok şey bulabileceğiniz bir kitap.
Aynı zamanda kitabın filmi de çekilmiş, kitap kadar güzel anlatılmış mıdır her şey bilmiyorum ama bana kitabını okuduğum bir hikayenin filmini de izleyip, ''kitapta daha iyi anlatmış ya...'' deme ukalalığını yapma cesareti vereceği için çok mutluyum.
3 Ağustos 2012 Cuma
WESTERN BLOTLAMA
MOLEKÜLER BİYOLOJİ TEKNİKLERİ II
DENEY 6
AMAÇ
Bu deneyde amacımız;
izole edilen protein fraksiyonlarının western blotlama tekniğiyle
bir membrana aktarılıp, proteinleri membranda görüntülemek ve
özellikle izole edilmek istenilen proteinin özelliklerini
kullanarak izole edilip edilmediğini öğrenmektir.
GİRİŞ
Proteinler
tanımlanmaya çalışılırken çeşitli proteinleri içeren protein
fraksiyonları elde edilir ve bu fraksiyon içerisinden hedeflenen
proteinin varlığı büyüklüğüne, şekline, yüküne veya
izoelektrik noktasına göre belirlenir. Ayrımın yapılmasının
istenildiği özelliğe göre seçilen elektroforez uygulaması ile
belirlenen proteinin özgün şekilde saptanmasını sağlamak için
uygulanan yöntemlerden biri olan western blotlama, en genel ifade
olarak proteinlerin bir membrana yüklenerek spesifik özellikleri
kullanılarak belirlenmesidir. Bir protein solüsyonunda,
aranan bir proteinin olup olmadığını ve varsa ne kadar olduğunu
anlamak için kullanılan bir yöntemdir. Özellikle HIV (+) bulunan
örneklerin doğrulanmasında başvurulur.
Western
blotlama; elektroforez işlemiyle poliakrilamid jelde göç ettirilen
proteinlerin, destek membrana transfer edilmesi ve membrandaki
proteinlerin immünolojik metodlarla gösterilmesidir. Western blot
tekniği, denatüre edilen DNA'nın nitroselüloz membrana transfer
edildikten sonra hibridizasyonla tespit edildiği Southern blot
tekniğinin modifikasyonudur.
Resim
1
: Jeldeki
proteinlerin membrana transferi için kullanılacak düzenek
Yapılan
çalışmalarda western blot tekniğinin özellikle ELISA testinde
kullanılmasının sebebinin aynı ailenin türleri arasında
sıklıkla şekillenen çapraz reaksiyondan dolayı serolojik
testlerde karşılaşılan problemleri giderebilir olduğu
gözlemlenmiştir. Bu tür üstün özelliklerine rağmen bu tekniğin
uygulanması uzun süre almaktadır ve pahalıdır. Bu durum western
blotlama tekniğinin diğer serolojik testlere göre, özellikle tanı
amaçlı kullanımının az olmasının başlıca sebebidir. Son
yıllarda trasnfer edilmiş membranların uzun süre muhafaza
edilebilmesi özelliğinden yararlanılarak, pek çok virüs için
kullanıma hazır ticari western blot kitleri geliştirilmiştir. Bu
gelişmelerler tekniğin, özellikle tanı amacıyla daha sık
kullanılması sağlanmıştır.
Resim 2 : Western
blotlama tekniğinin genel çalışma mekanizması
Western blotlamanın yapılışı jelden
membrana proteinlerin geçirilmesini sağlayan yönteme göre iki
grupta incelenir.
- Pasif blotlama
- Elektro blotlama
- ıslak blotlama
- yarı kuru blotlama
MATERYALLER
Kimyasal
malzemeler:
Akrilamid:bisakrlamid(29:1)
Akrlamid:30.0 g
Bisakrilamid:0.8 g
dH2O
:100ml
Ayırma jeli
tamponu 4X:1.5M Tris PH 8.8
Tris :18.17 g
SDS (%10):4 ml
Vt:100 ml
Yükleme jeli
tamponu 4X :0.5 M Tris ph 6.8
Tris:6.06 g
SDS (%10):4ml
Vt:100ml
Amonyumpersülfat:10mg/ml
SDS :%10(w/v)
Elektrod
tamponu:25mM Tris (ph 8.3)250mM glycine %0.1 SDS
Tris:3.0 g
SDS(%10):1.0 g
Glycine :18.7 g
Vt :11
Örnek tamponu 2X
Yükleme jeli
tamponu :1.25ml
SDS :0.3 g
2-merkaptoetanol:
0.5 ml
Glycerol :1.0 ml
BPB:0.01 g
Vt: 5.0 ml
Jel hazırlanması:
Ayırma jeli(%12)
Ayırma jeli tamponu
4X :3.75 ml
Akrilamid-bisakrilamid
(29:1): 6.3 ml
TEMED:15 µl
APS:225 µl
dH2O :13.2 ml
Yükleme jeli
(%4)
Yükleme jeli
tamponu 4X: 940 µl
Akrilamid-bisakrilamid
(29:1): 750 µl
TEMED: 5 µl
APS: 35 µl
dH2O : 3.3 ml
western transfer
tamponu:14.4g
glisin+3.0 tris base+11dH2O
içinde çözülür.
MeOH :500 ml
Asetikasit :140 ml
Gliserol :100 ml
Vt :21
Boyama solüsyonu
1.25 g Coomassie Blue R 250 ,500 ml yıkama solüsyonunda çözülür.
panceasu
s boyası:
%10
luk aseetik asit içinde haırlanmış %2 (w/v) ponceaus
Coomassie
Boya Çözeltisi
Laboratuvar
Cihazları :
Elektroforez
METOD
- Ayırma jeli olarak kullanılacak jel camlar arasına döküldü. Daha sonra su ile doldurulmuş butanol damlatıldı.
- Oksijenle teması kesilen jelin düz bir yüzey oluşturması sağlandı.
- Polimerizasyonun gerçekleşmesi için 30-45 dakika arasında beklenildi.
- Butanol suyla temizlendi, yükleme jeli döküldü ve taraklar jele sokularak 20-30 dakika polimerizasyon beklenildi.
- Protein fraksiyonları yükleme tamponuyla eşit hacimde karıştırılarak 80ºC da 2 dakika denatüre edilip hemen jele yüklendi.
- Elektroforez başlatılır. Voltaj önce 100V'a sonra da 150 V 'a yükseltilerek yürütülür.
- Plastik aparat kullanılarak yükleme jelinin bulunduğu kısım atılır.
- Jel, yine plastik aparat kullanılarak camdan ayrılır.
- Kullanılacak PVDF membran, MeOH ile ıslatılır, daha sonra da distile su ile yıkanır.
- İki teflon sünger, membran ve 6 adet, jel büyüklüğünde kesilmiş Whatmann (3MM) filtre kağıdı transfer tamponunda ıslatılır.
- Blotlama düzeneği anod ucunun-teflon-sünger- whatman kağıdı- PVDF membran- SDS PAGE jel- Whatman kağıdı- teflon sünger- katot ucu olarak alttan üste doğru sıralandı.
- Hazırlanan blotlama kaseti tanka yerleştirildi ve aktarım 100 V da 1 saat olarak yapıldı.
- 1 saat sonunda membran temiz bir kaba alındı
- Üzerine Ponceau çözeltisi dökülerek 1-2 dakika boyandı.
- Boyalı membranın durumu gözlemlendi.
- Membran distile su ile yıkandı. Tekrar gözlem yapıldı.
- Membran Coomassie boya çözeltisi ile 30 dakika boyandı.
- Yıkama solüsyonu ile yıkandı.
SONUÇLAR
Jel üzerindeki
proteinler Ponceau çözeltisiyle boyandıktan sonra resim 3 deki
görüntü elde edildi. İncelenen jelin pembe renkte ve üzerinde
beyaz, leke şeklinde bölümler gözlemlendi. Jel üzerinde protein
olduğu söylenebilecek herhangi bir çizgi belirmedi.
Protein
fraksiyonlarının olduğuna dair bir iz görüntelenemediği için
Coomassie boya çözeltisi ile boyanan jelde de protein olduğuna
dair bir çizgi görülemedi. Coomassie ile boyanan jelin şekil 3
deki gibi renklendiği ve yine aynı beyaz lekelerin belirgin olduğu
gözlemlendi.
TARTIŞMA
PVDF
membrana aktarılan proteinler kırmızı renkli Ponceau boyası ile
boyandıktan sonra ponceau boyasının etkisiyle pembe renkte olan
memranda beyaz lekeler gözlemlendi. Bunun sebebi protein
fraksiyonlarının jelden membrana aktarılırken arada hava
boşluklarının kalması olabilir. Ayrıca pembe renkli hal alan
membranda protein fraksiyonlarının koyu pembe renkte gözlemlenmesi
gerekmektedir. Böyle bir görüntü elde edilemedi.
Protein fraksiyonlarının görüntülenemediği
jel iyice yıkandıktan sonra protein fraksiyonlarının daha iyi
görüntülenmelerini sağlamak amacıyla membran Coomassie boya
çözeltisiyle boyandığında resim 5 teki gibi bir görüntü elde
edilmeliydi fakat yine membranda protein fraksiyonları
gözlemlenmedi. Bunun sebebi proteinlerin jele transfer edilememiş
olması, protein fraksiyonlarının konsantrasyonunun az olması ya
da yüksek voltaj olduğu için proteinlerin jelde yürüyüp çıkıp
tampona karışmış olması olabilir.
Daha önce yapılan absorbans ölçümünde
protein konsantrasyonunun yüksek olduğu saptandığı için
proteinlerin membranda görüntelenememesinin sebebi konsantrasyonun
az olduğu ihtimali olamaz. Ayrıca konsantrasyonun yüksek olan
proteinler elektroforez sırasında jele aktarılırken yine bu
yüksek konsantrasyonlu protein fraksiyonu kullanıldığı için ve
yükleme jelinde gözlemlendikleri için proteinlerin jele
yüklenemediği de söylenemez.
Resim 5 : Coomassie
boya çözeltisiyle boyanan ve yıkanmış membran görüntüsü.
Coomassie boya çözeltisiyle boyanan
membranda membranın üzerinde protein olmadığı sonucuna
varılmasının sebebi; 100V olarak uygulanan elektroforez voltajının
yarattığı akım yani oluşan yürüme hızının bu protein
fraksiyonunun yürütülmesi için yüksek bir değer olmasıdır. Bu
yüzden proteinler elektroforez sırasında jelden yürüyüp,
çıkmışlar ve tampona karışmışlardır.
REFERANSLAR
- http://tr.wikipedia.org/wiki/Western_blot (30.04.2012)
- http://www.elec-intro.com/western-blotting-ecl (30.04.2012)
- http://www.norbil.hacettepe.edu.tr/west_ornek.shtml (30.04.2012)
- Resim 1 :http://en.wikipedia.org/wiki/File:Western_blotting_3.svg (30.04.2012)
- Resim2:http://www.bio.davidson.edu/courses/genomics/method/Westernblot.html (30.04.2012)
-
(30.04.2012)
- Resim 5 : http://www.elec-intro.com/western-blotting-ecl (30.04.2012)
1 Ağustos 2012 Çarşamba
31 Temmuz 2012 Salı
MONOKLONAL ANTİKORLAR (MONOCLONAL ANTİBODİES)
Normalde yabancı madde saldırılarında vücut tarafından çok
sayıda farklı antikorlar yapılması bağışıklık sisteminin bir
yöntemidir. Bir antikor, spesifik bir antijeni hedefleyen yapışkan
bir proteindir. Daha önceleri antijen içeren
hücreleri yok etmek için bağışıklık sisteminin diğer
bölgelerine bağlı olan antikorlar, antijenleri bulup onlara saldırana kadar vücutta sirküle olurlar.
Spesifik bir antikorun çok fazla kopyası laboratuvurda yapılabilir.
Bunlar monoklonal antikorlar olarak bilinirler (mAbs veya moAbs). Bu
antikorlar, hastalıklarla mücadelede faydalı olabilirler çünkü belirli bir hedef için spesifik olarak tasarlanabilirler,
örneğin kanser hücrelerini bulabilirler.
Figür 1 : Hibridoma (sürekli olarak antikor üreten melez hücre)
hücrelerinin elde edilişi
ve monoklonal antikorların tekli antijen
spesifikliği.
Günümüzde
monoklonal antikorlar kanserin bazı tipleri de dahil birçok
hastalığın tedavisinde kullanılmaktadır. Bu antikorlar, tedavide büyük avantaj sağlarlar çünkü diğer bir takım kanser tedavilerinin aksine
bunlar çok spesifiktirler ve yan etkileri hafif olabilir.
Fakat araştırmacılar ilk olarak atak için doğru antijeni
belirlemek zorundadırlar. Kanser için bu her zaman kolay değildir
ve bazı kanserlere karşı diğerlerinden daha faydalı olması için
mAbs ler şimdiye kadar denenmiş olmak zorundadır.Yaklaşık son
15 yılda Amerikan Gıda ve İlaç Dairesi (the US Food and Drug
Administration ) belirli kanserlerin tedavisi için onlarca mAbs için
onay vermiştir.
Araştırmacılar olarak
daha çok antijen bulmalıyız ki kansere daha fazla etkili
monoklonal antikorlar yapmak mümkün olsun. Kanserin bazı türleri
üzerinde yeni monoklonal antikorlar klinik olarak denenmektedir.
MONOKLONAL
ANTİKORLARIN TİPLERİ
Kanser tedavisinde iki tip monoklonal antikor kullanılır.
- Çıplak monoklonal antikorlar, kendi başlarına çalışan antikorlardır. Bu monoklonal antikor çeşidi için ilaç veya radyoaktif materyal saldırısı yoktur. Bunlar günümüzde en yaygın kullanılan monoklonal antikorlardır.
- Konjuge monoklonal antikorlar, bir kemoterapi ilacı, radyoaktif partikül veya bir toksine katılırlar. Bunların görevi en küçük bölgelerde, yönlendirilmiş cihazlar gibi davranarak, kanser hücrelerine gerekli maddeleri doğrudan aktarmaktır.
Çıplak
Monoklonal Antikorlar
Birçok mAbs, kanser
hücreleri üzerindeki antijenlere yapışır, ama serbest-yüzücü
proteinler veya kanserli olmayan diğer hücreler üzerinde de işlem
yapar.
Çıplak mAbs farklı bir şekilde çalışabilir.
Bazı kanser hücrelerine yanıt olarak bağışıklık sisteminin
tepkisini arttırabilirler. Diğer görevlerinde biri de kanser
hücrelerinin büyümesini sağlayan proteinlerin aktivitelerini
bloklamaktır. (Bazen ikisi birden)
Bazı
çıplak antikorlar kanser hücrelerine, onları yıkmak amacıyla,
vücudun immün sisteminin bir işarteleyicisi olarak saldırırlar.
Alemtuzumab (evre
3-4 refrakter kronik lenfositik lösemi tedavisinde kullanılan
monoklonal antikordur ve CD52 ye karşıdır)
ilacının kronik lenfositik lenfomada hastaların tedavisinde
kullanılması örnek olarak verilebilir. Alemtuzumab, B ve T
hücreleri olarak isimlendirilen bağışıklık hücreleri
üzerindeki CD52 antijenine bağlanan bir antikordur. Bu antikor,
bağışıklık sistemi tarafından hücre tahribatını tetikler.
Konjuge
Monoklonal Antikorlar
Monoklonal
antikorlar bir radyoaktif madde, ilaç veya toksine saldırıyorlarsa
konjuge monoklonal antikorlar olarak isimlendirilirler. Monoklonal
antikorlar bu maddelerden birini doğrudan kanser hücresine almak
için yön belirleme makinası aleti olarak kullanılmışlardır. Bu
antikorlar hedef antijeni bulup üzerine takılana kadar vücutta
sirküle olurlar. Ona en çok ihtiyaç duyduğu toksik maddeyi
verirler. Bu durum, vücudun diğer bölgelerindeki normal
hücrelerine verilecek zararı azaltır.
Konjuge
monoklonal antikorlar bazen etiketlenmiş veya yüklü antikorlar
olarak sevkedilebilirler. Onlar bölünmüş ya da belirli gruplara
bağlı olarak bulunabilirler.
REFERANSLAR
10 Temmuz 2012 Salı
VİRÜSLERİN YAPISI
Virus, latincede
kelime anlamı olarak ' zar
' anlamına gelmektedir. 19.
Yüzyılın sonlarına doğru keşfedilmiştir. Robert KOCH, Louis
PASTAEUR ve diğer bakteriyologların bazı hastalıklara sebep
olabilecek bir bakteri bulamamaları sonucu ortaya çıkarılmışlardır.
İlk olarak tütün bitkisinin yaprağında ortaya konulan bir
hastalıkta tanımlanmışlardır. Virüsler önceleri bakterilerin
salgıladığı bir zehirli madde olarak kabul ediliyordu. Daha
sonra, virüsün bir organizmaya bulaşarak bakterilerin
salgıladığıbir zehirli madde olarak kabul ediliyordu. Daha sonra,
virüsün bir organizmaya bulaşarak hastalık yapabileceği
gösterildi. Hasta olan tütün bitkisinden çıkarılan özüt,
porselen bir filtreden geçirilerek bakteriler tutuldu. Süzülen
özüt, sağlıklı tütün bitkisinin yapraklarına sürüldüğünde,
bitkinin hastalandığı görüldü. Hollandalı mikrobiyolog M.W.
BEIJERINCK hastalığın kısa zamanda bitkinin bütün organlarına
yayıldığını tespit etmiştir. Özütte hiç bakteri kalmadığı
halde, sağlıklı bitkiyi hastalandıran bu faktöre, BEIJERINCK,
“hastalık yapan canlı sıvı” adını vermiştir. 20. yy. In
başlarında ise artık çocuk felci, kızamık, kabakulak, suçiçeği
gibi birçok hastalığın nedeninin virüsler olduğu bilinmektedir.
Normal
hücre yapısına benzemeyen virüslerde sadece dış tarafında bir
protein kılıf ve içerisinde nükleik aist vardır. Bunların
dışında sitoplazma ve organel gibi temel hücrelesel yapılar
bulunmamaktadır. Sahip oldukları bu yapı onların parazit olarak
sürdükleri yaşamı zorunlu hale getiren yapıdır. Yani bir
virüsün yapısı sadece dışta bir protein kılıf ve içerisinde
nükleik asitten meydana gelmektedir. Organelleri ve dolayısıyla
da çok sınırlı özelliklerde enzimleri olan virüslerin normal
bir hücre gibi yaşamlarını sürdürmeleri imkansızdır. Üreme
başta olmak üzere temel yaşamsal faaliyetlerini göstermek için
mutlaka canlı bir hücreye gereksinimleri vardır. Çünkü hücresel
yapılar dışındayken kristal halde bulunurlar. Bu özellikleri
sayesinde de bilim adamları tarafından canlılık ile cansızlık
arasındaki geçiş formu olarak kabul edilirler. Şekil
özelliklerine bakıldığı zaman, virüslerin küre, çubuk ve
elips gibi şekillerinin olduğu gözlemlenmiştir.
Virüsler
koruyucu protein bir örtü ile sarılıdır. Genomlar DNA veya RNA
içerirler ve her ikisi birlikte bulunmaz. Protein ve enerji
üretmedikleri için hücre içinde üremek zorundadırlar. İstisna
olarak, adenovirüslerde ribozomlar bulunur; ancak bu ribozomlar
işlevsizdirler ve dolayısıyla kullanılmazlar. DNA ya RNA'ya sahip
olan virüslerdeki bu viral genom, ya "tek iplikli DNA",
"çift iplikli DNA", ya da "tek iplikli RNA",
"çift iplikli RNA" olabilir. Genom lineer (yani doğrusal)
veya dairesel olabilir. DNA virüslerinin genomları hep tek parça
iken, RNA virüslerinin genomları birden fazla parça içerebilir.
Virüsler haploittirler. İstisnai olarak retrovirüsler diploid
olup genomlarının iki kopyasını da taşırlar.
Yapısal
protein üniteleri "protomerleri" oluşturur. Bu
protomerler "kapsomer" denen ve bir aryaya geldiklerinde
"kapsid" adını alan bir yapı oluştururlar. Kapsid,
viral genomu çevreleyen protein yapısındaki bir örtüdür.
Kapsid proteinlerinin genel özellikleri ve sınıflandırılmaları
aşağıda tanımlandığı gibi dış kapsid proteinleri ve kapsid
proteinleri olarak ikiye ayrılırlar.
- Dış Kapsid Proteinleri; virüsün konak hücrenin reseptörlerini tanıyarak bağlanmasını ve enfekte etmesini sağlayan aracı yapılardan oluşur. Virüsün hangi hücreyi tanıyıp bağlanacağı virüs tipine özgü olduğundan dış kapsid proteinleri de virüs tipine özgüdür.
- Kapsid proteinleri; virüs, bir konak hücreyi enfekte ettiğinde enfekte olan hücreyi öldürecek olan hücresel immün cevabın önemli hücrelerinden olan sitotoksik T hücrelerini aktive eden antikorları üreten en önemli antijenlerdendir. Virüslerin dış şeklini bu proteinlerin dizlimi belirler.
- İkozahedral (Icosahedral) = 20 tane üçgen düşünün. Bu 20 üçgen öyle bir dizilmiş olsunlar ki uç kısımları bir çember olsun. Hah işte İkozahedral biçimindeki virüslerin kapsomerleri böyle dizilim gösterirler. Poxvirus hariç tüüüm virüsler ikozahedral biçimdedir (ikozahedral simetri).
- Helikal (Helical) = Bu alfa heliks şeklindeki proteinler vardı hatırlarsanız bu proteinlerin amino asitleri, protein molekülü tıpkı duş hortumunun şekli gibi kıvrılırlardı. İşte burada da kapsomerler çubuk şeklinde içi boş bir yay yapacak gibi dizilirler. Yalnızca RNA virüslerinde görülen helikal simetri patojen olanlarda zarf da gerektirir. Virüslerin hem helikal hem de ikozahedral simetriye sahip olabildikleri, virüslerle yapılan çalışmalar sonucunda görülmüştür.
Zarf, virüsün kendi proteinleri ve enfekte ettiği konak hücrenin hücre zarından oluşur. Lipoprotein yapıdadır. Daha sonra enfekte edeceği hücrelerin reseptörlerini tanıyan ve bu reseptörlere tutunmayı sağlayan Glikoproteinler zarf üzerinde yer alırlar. Kapsid proteinleri ile zarf arasındaki etkileşimi ise Matriks Proteinleri sağlarlar. Nükleokapsid ile zarf arasındaki bölge tegument denir. Zarflı virüsler, en dış katman olarak lipid yaısında bir zarfa sahip olduklarından, lipid çözücülerden çok daha fazla etkilenirler. Ayrıca, zarf proteininin kendisi ve zarfta bulunan glikoproteinler konak organizmadaki immün yanıtın oluşması için çok önemli antijenlerdir.
Kaydol:
Kayıtlar (Atom)